El inicio de la ocupación humana en Ruiloba se remonta a la prehistoria, pues en las cuevas naturales existentes en la zona se han hallado vestigios que así lo corroboran. De esta forma, en la cueva de la Concha, también conocida como la cueva de Tijeras, Alcalde del Río descubrió a principios del siglo XX niveles paleolíticos sellados por un conchero asturiense, de la misma forma que en otras cavidades del lugar -como la cueva de Rupicos, en Ruilobuca, o la de El Portillo , en Casasola- se encontraron otros yacimientos con concheros austerienses o eneolíticos. Estos hallazgos confirman que durante la etapa prehistórica estas cuevas pudieron servir de cobijo para los grupos paleolíticos.

En el periodo romano, la hipotética vía de Agripa, que recorrería la costa a lo largo de toda la región, atravesaría también este municipio, que, además, pudo ser lugar de paso desde las minas e Ruiseñada, en Comillas, hasta en Portus Blendium (Suances). Este municipio, que recibe su nombre por la denominación fluvial "Rio e Loba", perteneció en la edad media al valle de Alfoz de Lloredo, unos de los de la Merindad de las Asturias de Santillana. La referencia documental más antigua de este territorio data del siglo XII y se refiere a una donación e la Abadía de Santillana de una herencia de varias posesiones localizadas "in Rio de Loba".

El lugar de Ruiloba constituyo una unidad administrativa configurada como "concejo, cabeza y collación", como consta en el Becerro de Behetrías (1351), donde aparece como dependiente del Obispado de Burgos, aunque los dominios señoriales ligaban también a sus gentes con la Abadía de Santillana y de Oña, así como con algunos nobles locales, como las casas de los Ceballos y de la Vega.

Precisamente, estos últimos, que luego pasaron a ser Marquesado de Santillana, alcanzaron un gran poderío en los siglos XIV y XV, convirtiéndose en dueños absolutos de estas tierras, a pesar de que sus habitantes gozaban de la condición de behetría, que les habilitaba para elegir libremente a su señor. Esta situación de abuso de poder, en la que el linaje dominante imponía sus justicias y tributos a los ciudadanos de estos valles por la fuerza, privándoles de su libertad, originó la indignación de las gentes de los valles de las Asturias de Santillana, que se resistieron a permanecer bajo el dominio señorial y entablaron el famoso Pleito de los Valles, mediante el cual reclamaban su condición de realengo.

La sentencia favorable de la Cancillería de Valladolid les dio la razón, y este territorio pasó a formar parte de la provincia de los Nueve Valles -formada por Alfoz de Lloredo, Cabuérniga, Cabezón, Piélagos, Reocín, Villaescusa, Camargo, Penagos y Cayón-, que en el siglo XVIII daría lugar a la provincia de Cantabria. Del retorno a la Corona quedaron excluidos la parte abadenga de Santillana: los barrios de Trasierra y Santa María.

El primer ayuntamiento constitucional con la denominación del actual municipio se instituyo durante el Trienio Liberal (1821-1823), y en el se incluyeron los concejos de Ruiloba y Cóbreces aunque este último se desgajó del mismo en el año 1835.Desde entonces, Ruiloba es uno de los ayuntamientos pertenecientes al partido judicial e San Vicente de la barquera.